上述切片及涂片中的任何组织与细胞，在普通光学显微镜(光镜)下一般都是无色的，各种结构成分难以分辨。因此，在病理专家观察之前，需要用染料将细胞和组织染上颜色。最常用的染色方法是苏木紫-伊红染色，其中苏木紫将细胞核染成紫色，而伊红将细胞质染成红色，这样在光镜下就能清楚辨认细胞的形态和结构了。有时可以用一些其他染料来显示某些特定的化学物质(如粘液、黑色素颗粒、胶原纤维、淀粉样物质)和病原体(如结核杆菌、真菌、病毒包涵体)，称为特殊染色，以辅助病理诊断。

    自从电子显微镜(电镜)问世和生物组织超薄切片技术建立以来，能用电镜进一步观察到细胞内部的各种细微结构(如肌微丝、黑色素小体、神经分泌颗粒)，以及细胞之间的关系(如桥粒紧密连接、基板等)，因此应用电镜可以帮助解决疑难肿瘤的诊断和鉴别诊断，还可探讨肿瘤的组织发生和研究肿瘤的生长特性。

    应用上述常用病理学检查方法，大多数肿瘤能获得明确诊断，但尚有8％～10％患者，尤其是分化差的肿瘤或涉及到该肿瘤的组织来源和功能状态时，难以确诊。随着现代科学技术的发展，近20年来，许多新技术已应用于病理检查，这些新技术包括免疫荧光和免疫组织化学、免疫电子显微镜、自动图象分析技术、流式细胞仪、细胞遗传学技术和原位分子杂交技术等。这些新技术的应用，无疑大大促进了肿瘤病理诊断和研究水平的提高，而且对肿瘤的组织来源、功能状态、发病机制的探讨，对肿瘤患者预后判断等提供了大量极有用的信息，为临床制订最佳治疗方案提供依据。